Slovenský zväz vojakov v zálohe má svoju organizačnú štruktúru zakotvenú v Stanovách. Ich pravidelná reedícia sa realizuje na zasadnutí Snemu, ktorý je najvyšším riadiacim orgánom Zväzu.
Nová organizačná štruktúra Zväzu bola prijatá na 8. sneme SZVvZ, ktorý sa konal 26. októbra 2019. Bola koncipovaná so zámerom zefektívnenia riadenia Zväzu, zachovania hlasu regiónov a aktivácie širšieho spektra členov Zväzu. Zrušili sa zbytočné a nefunkčné medzičlánky v podobe krajských zväzov a pribudli funkcie viceprezidentov so špecializáciou a zodpovednosťou za konkrétne oblasti riadenia a rozvoja Zväzu.
Organizačná štruktúra Zväzu na jeho najvyššej, celoštátnej úrovni má nasledovnú hierarchiu (v poradí od najvyššieho stupňa po najnižší):
- Snem
- Ústredná rada
- Prezídium (na čele s prezidentom)
- Kontrolór
Ústredná rada je najvyšším orgánom Zväzu v obdobiach medzi jednotlivými Snemami. Tvorí ju 9 členov s hlasovacou právomocou, pričom pri rovnosti hlasov má rozhodujúcu váhu hlas prezidenta Zväzu. Jej personálne zloženie pozostáva z prezidenta, štyroch členov prezídia (viceprezidenti) a štyroch zástupcov oblastí Slovenska v zmysle územno-správneho rozdelenia Slovenskej republiky platného do 18. 12. 1990 (Bratislava, Západ, Stred a Východ).
Do kompetencie jednotlivých členov prezídia, okrem iného, patrí aj zastrešovanie, resp. riadenie jednotlivých komisií, ktoré sú exekutívnou (výkonnou) zložkou organizačnej štruktúry Slovenského zväzu vojakov v zálohe. Členovia komisií sú zodpovední za realizáciu jednotlivých úloh rozpracovaných Prezídiom a schválených Ústrednou radou a osobne sa na ich realizácii zúčastňujú.
